Махбубулла Мохеби ехал на машине во вторник, когда взорвалось устройство, прикрепленное к его машине. Ни одна группа еще не взяла на себя ответственность.
Это последнее из серии убийств в Афганистане в этом месяце, в том числе государственного прокурора, который был застрелен по дороге на работу.
Преследовались журналисты, активисты и другие политические деятели.
Злоумышленники часто используют так называемые «бомбы-липучки», которые магнитами прикрепляют к транспортным средствам.
Афганский новостной канал Tolo TV сообщает, что секретарь г-на Мохеби также был убит во время последнего взрыва, а двое его охранников получили ранения.
Мирные переговоры между афганскими официальными лицами и талибами, которые проходят в Дохе, Катар, приостановлены до января.
Обе стороны недавно достигли прогресса по предварительным вопросам, но еще не начали обсуждение соглашения о прекращении огня или разделе власти.
В прошлом месяце США объявили о планах вывести из страны 2000 военнослужащих к середине января.
Решение подверглось критике на фоне опасений, что резкое и быстрое сокращение войск ослабит способность афганского правительства справиться с возрождением талибов и других групп боевиков.
Многие аналитики опасаются, что афганская армия недостаточно сильна, чтобы сражаться в одиночку, если насилие продолжится после ухода иностранных войск.